原因一：

辣椒喜湿但不耐涝，除了极少数耐涝性强（川椒椒坚强）的品种系外，被水淹数小时植株就会出现萎焉，严重时死亡，水淹伤害很难逆转。这与辣椒的根系特征密不可分，辣椒根系不发达且主根粗壮，根的数量也偏少，根系生长速度不快，根群分布在20～25厘米的耕层内，根系再生能力弱。如果土壤水分长期处于饱和状态，使根系周围氧气减少，导致根系发黄发褐，以致腐烂，植株不能及时生长新根吸收水分，茎部组织坏死，输水中断，叶片遇高温天气蒸发水分而萎焉，数日后整株干枯死亡。川椒科研部经过多年摸索，总结出了辣椒滴灌种植单次灌水时间应不超过8分钟，超过12分钟即可造成涝害引起萎焉，超过15分钟便可造成辣椒的成片死亡。

原因二：

辣椒的肥害，辣椒的肥害症状一般有三种：第一种是未腐熟有机肥造成的氨气中毒，产生叶脉间黄化或叶缘出现水浸状斑纹，或褪绿斑驳；第二种是未腐熟有机肥或过量化肥烧根，表现为辣椒幼苗根系呈褐色，不长新根，生长缓慢，叶片黄化，严重的植株萎蔫枯死；第三种是叶面肥过量，使叶片僵化，变脆，扭曲，畸形，茎杆变粗，抑制生长。所以在使用有机肥时一定要经过充分腐熟之后，再施入土中，并经过翻耕与土壤混匀，还得注意用量。使用化肥做底肥时，也要严格控制用量，并撒施均匀。化肥经滴灌作追肥时，总浓度不应超过千分之三。在海南冬季辣椒种植的农户，常因追肥浓度过大而造成辣椒成片的死苗。